淮安，位于古淮水与古泗水的交汇处。《尚书·禹贡》述九州贡道：扬州贡道是“沿于江海，达于淮泗”；徐州贡道则是“浮于淮泗，达于河”。二州贡道以古淮、泗水交汇处的清口为转轴。因此，位于大小清口的泗口镇和淮阴故城，是最早因水运而兴起的沿淮、沿运古城镇，是古老的自然航道时代的交通枢纽城市。

淮安，是历时最久的大运河城市之一。周敬王三十四年（前486），吴王夫差开邗沟，沟通江、淮。邗沟入淮处末口迅速兴起一个重要城镇——北辰镇。泗口镇、淮阴故城与北辰镇（东晋始筑山阳城），各据冲要，同为南达长江、北达河济、西出中原之绾毂。隋炀帝开凿贯通五大水系的大运河以后，控扼淮河、运河交汇处的淮安，一直处于居中的地位。由于经济重心的南移，加之唐宋时期经济、政策的开放，不仅漕运量猛增，而且物资交流空前活跃，从而促进了沿线的楚州、淮阴、泗口等城镇的繁荣。其中，又以楚州为盛，是运河沿线的名城和区域性经济、政治、文化中心。楚州城以其繁华，被白居易称为“淮水东南第一州”。明永乐皇帝的帝师姚广孝，更盛誉其为“壮丽东南第一州”。

淮安，是独一无二的黄、淮、运河交汇处的城市。公元12世纪黄河夺淮以后，徐州以下的泗水河道和清口以下的淮河河道，成为黄、泗和黄、淮共用河道，淮安清口遂成为黄河、淮河、大运河交汇处，是最难于治理区域。直至1855年黄河北徙，数百年间，无数帑银源源不断地向这里输送，多事的清口水利枢纽由此产生。

淮安，是明清时期“五大中心”支撑的运河之都。明永乐帝施行以北京为主的两京制度后，确立以内河为主的漕粮运输制度。光绪《淮安府志·漕运》载：“乃命武职重臣总理。景泰间，更命都御史同莅其事。……其都御史则兼巡抚，总兵则兼镇守，参将则协同总兵官。”上述文、武重臣均驻节淮安府山阳县，时称文、武二院。“凡湖广、江西、浙江、江南之粮艘，衔尾而至山阳，经漕督盘查，以次出运河。虽山东、河南粮艘不经此地，亦皆遥禀戒约，故漕政通乎七省，而山阳实咽喉要地也”。所谓“总供上国，专制中原”，就是对漕运总督职掌的高度概括。为何要让统管全国漕运的理漕长官镇守淮安？明《漕运通志·漕职表》载：“而治必于淮者，盖淮，左江、右河，东控海道，北接兖、豫，西接两都，而诸陵咸在。”时转运漕粮的官军有十二总，共十二万多人。清沿袭明制，漕运总督仍驻节淮安。淮安，由此成为明清两朝中央政府的漕运指挥中心。

明永乐年间，平江伯陈瑄总理漕运，为避开淮河山阳湾风涛之险，以便舟航，循宋乔维岳所开沙河运河故道，导水由淮安城西管家湖至鸭陈口入淮，命名为清江浦河。河上建板闸、移风、清江、福兴、新庄五道节制闸。陈瑄还在当地创办了全国规模最大的内河漕船厂——清江督造船厂，造船场地沿清江浦河南岸排开，从板闸到韩城，连绵20余里，由工部分司管理。清代，朝廷每年下达清江船厂的造船任务约560艘，造船量超过明代。淮安因此成为全国漕船制造中心。

明永乐中期，在清江浦河南岸建立漕粮转搬仓——淮安常盈仓，有800间仓房，可容纳150万石漕粮。常盈仓由户部分司监理。清袭明制，沿多革少，常盈仓一直得以延续。淮安因此成为漕粮转输中心。

两淮，向来是海盐的主要产区，有“天下盐利淮为大”之说。由官盐商垄断经营。淮北盐运分司署初设涟水，后改设淮安河北镇，盐商聚居的河下，遂为“富甲一郡”之地。明弘治年间，邱浚过河下西湖嘴时咏道：“十里朱旗两岸舟，夜深歌舞几时休。扬州千载繁华景，移在西湖嘴上头。”后法久弊生，淮盐严重滞销。清道光十一年（1831年），两江总督陶澍首先在淮北实行盐政改革，打破官商垄断，又规定盐斤必须运到淮阴西坝“栈积”，然后由岸商运到各地销售。西坝因而繁荣起来。明清时期的淮安，一直是淮北食盐集散中心。

明中叶黄河全流夺泗、夺淮以后，淮安作为黄、淮、运河交汇处，是治理黄、淮、运河的重点、难点和关键所在，故“治河、导淮、济运三策，毕萃于淮安清口一隅”。明代总河驻济宁，后来常由总漕兼任，多驻淮安。清康熙十六年（1677年），靳辅任总河后，移驻清江浦原户部分司署，以便于就近指挥。清雍正二年（1724年），将总河职掌一分为三，分设北河、东河、南河三总督，南河总督署仍设清江浦。南河总督下辖4道、24厅汛，有众多的河标营兵弁以及各有执掌的民夫。南河总督的地位在巡抚之上。淮安，实为该时期的黄淮运河道治理中心。

明清时期，淮安榷关是大运河七大榷关中的居中之关，统辖宿迁关（含上关、东关、西关、徐州关）、海关（驻阜宁县城，辖盐城、安东、海州、赣榆、山东日照5州县），加上常盈仓、抽分厂，连同淮关直辖的18口，管辖范围广，税目多，税额高，是全国著名的大关。榷关所在地板闸镇，“临河市廛密布，河南北居民数千家，关署镇坐于北。而东街、南街、前后西街，铺户纷纭，人语杂沓，赖关务以资生者，几居其半。”

漕、河、盐、榷的汇聚，“五大中心”的确立，位高权重的漕运总督和河道总督的驻节，使淮安城市“俨如省会”。而豪商巨贾的云集，更为淮安城市的繁华注入了活力，使淮安城市发展逐步达于鼎盛，从末口到清口五六十里间，有淮安三城、河下、河北、板闸、钵池、清江浦、韩城、马头、旧县、王家营、西坝、杨庄等十多座似断还续的城镇，“夹岸数十里，街市栉比”，形成以运河为纽带的“城镇链”，人口聚集度非常高，人口规模居于全国名邑大都的前列。据《续纂淮关统志·文告》记载，清雍正年间，淮安“三城内外，烟火数十万家”。正是明清两代数百年的经营和发展，最终奠定了淮安“运河之都”的地位。